Substancje chemiczne stosowane jako ochrona roślin powodują szkody w środowisku i zdrowiu ludzi, którzy mają z nimi kontakt.
Wdychanie lub połknięcie herbicydu może spowodować chorobę, a nawet śmierć, w zależności od ilości, rodzaju substancji chemicznej i wieku osoby. Dlatego tak ważne jest stosowanie pestycydów zgodnie z zaleceniami producentów z zachowaniem szczególnych środków ostrożności. Należy również bezwzględnie używać zalecanych ilości środków ochrony roślin w rolnictwie i ogrodnictwie, aby zapobiec skażeniu gleby i przedostania się substancji chemicznych do plonów.
Niektóre herbicydy działają głównie poprzez pobieranie poprzez korzenie z pewną ilością wody.
Produkty te mogą być lotne i muszą być szybko wchłaniane, aby były skuteczne. Nielotne herbicydy pobierane przez pędy opierają się na wilgotnej powierzchni gleby w celu uzyskania najlepszej skuteczności. Mieszaniny herbicydów i kolejne zastosowania obejmują stosowanie więcej niż jednego herbicydu, zwykle w celu zwiększenia spektrum zwalczanych gatunków chwastów, ale także w celu zarządzania odpornością roślin na substancje chemiczne zawarte w pestycydach. Mieszanina wymaga zastosowania wielu produktów w jednym zastosowaniu lub w pewnym odstępie czasu. Tam, gdzie herbicydy są antagonistyczne i nie można ich mieszać w jednym zbiorniku, stosuje się je kolejno. W zależności od docelowego szkodnika środki ochrony roślin stosowane do zwalczania chorób roślin są klasyfikowane jako fungicydy, bakteriobójcze lub nicieniobójcze. Stosowanie środków grzybobójczych wydaje się być najszybciej rosnącym segmentem ochrony upraw na świecie. Przy właściwym stosowaniu chemikalia te mogą być ważnym narzędziem zarządzania szkodnikami. Pestycydy są ostatnią linią obrony do kontrolowania chorób i szkodników upraw. Aby zwalczyć uporczywe chwasty stosuje się oprysk do zbóż. Środki grzybobójcze działające w wielu miejscach działają na kilka funkcji rozwoju grzybów. Są mniej podatne na rozwój oporności, ponieważ mutacje w grzybie muszą wystąpić we wszystkich miejscach docelowych, aby mogła powstać oporność.